Indagine, der ursprünglich aus Dreieichenhein stammte, kam zu Lebzeiten viel umher. Der Pfarrer besaß enorme Kenntnisse in Theologie, Natur- und Rechtswissenschaften. Seine Studien zu diesen Themengebieten führten ihn unter anderem nach Mainz, Ingolstadt, Heidelberg, aber auch nach Ungarn und Rumänien. Indagine wird den Steinheimern besonders als Stifter der Prozession zum Heiligen Kreuz in Nieder-Steinheim, welche die Pfarrgemeinde seit 1507 bis heute jährlich zelebriert, im Gedächtnis geblieben sein. Mit dieser Prozession brachte er auch sein Anliegen, die altchristlichen Sitten wieder neu zu beleben, voran. Das Heilige Kreuz fand man laut der Legende beim Begräbnis einer unbekannten Leiche, die der Main zuvor an die Ufer von Steinheim gespült hatte.
Zudem ließ Indagine während seiner Zeit als Steinheimer Pfarrer den Chor der Gedächtniskirche Sankt Johann Baptist erneuern, da der alte Chor zu klein geworden war. Dieser Chor, der im spätgotischen Stil erbaut wurde, bildet den wertvollsten Teil der Kirche. Auch der Kirchturm wurde 1510, zur Zeit Indagines, neu gebaut. Pfarrer Indagine hinterließ sein Wappen im Schlussstein, der sich im Kreuzgewölbe befindet.
Die Mittel für diese Bauten bekam Indagine durch die Stiftung der Erzbischöfe, die Pfarrgemeinde und das Domkapitel, aber auch durch den Zehnt. Diesen regelte Indagine 1494 gemeinsam mit Erzbischof Berthold von Henneberg, nachdem der Steinheimer Pfarrer beim Zehnt zuvor leer ausgegangen war, neu. Mit den folgenden Worten trat die neue Regelung in Kraft: „Abt und Convent sollen dem genannten Pfarrer jehrlich geben den kleynen zehenden zu Ober- und Nyddersteinheim, Awheim und Heynstat mit all seinen Rechten. Dazu jehrlich drei Ohm Wein vom großen Zehenden. Solchen entscheydt ist gegeben sampstag nach heyligen Ostertag 1494. Berthold, Erzbischof von Mainz.“
Nach Berthold von Henneberg und zwei weiteren Erzbischöfen folgte 1514 Albrecht von Brandenburg. Dieser schickte Indagine nach Rom, um dort das erzbischöfliche Pallium, ein über dem Messgewand getragenes weißes Band mit sechs schwarzen Kreuzen, dass als päpstliches und erzbischöfliches Zeichen dient, einzulösen. Der Erzbischof belohnte Indagines Dienst 1515 mit dem Kanonikat des Sankt Leonard-Stifts. Indagine wurde am 25. November 1521 zu dessen Dekan gewählt. Jedoch blieb Johannes de Indagine weiterhin in Steinheim und ging nur für die Kapitalsitzungen nach Frankfurt.
Indagine erlangte eine gewisse Berühmtheit auf dem Gebiet der Astrologie, mit dem sich der Pfarrer jahrelang beschäftigte. Er las unter anderem die Handlinien der Menschen und versuchte von der Form des Kopfs und der Glieder auf das Wesen und die Gesundheit des Menschen zu schließen.
Viele angesehene Menschen suchten ihn aus diesem Grund auf, so auch Maler Matthis aus Seligenstadt. Indagine veröffentlichte 1523 ein Buch mit den Titel „Die Kunst des Chiromantzey uß besehnung der hend, der Phisognomey, uß dem Anblick des Menschen, der natürlichen Astrologey nach dem lauff der Sonnen, Compexion eines jeglichen Menschen und der natürliche eynfluß der Planeten, der zwölf Zeichen Ingesychten. Ettliche Regeln zur erkanntnuß der Menschen, ihrer Krankheiten, solicher weiß vordurch den hochgeerten und weytberühmten Herrn oannem Indagine, Pfarrer zu Stynhem und Dekan zu St.-Leonhard in Frankfurt. Mit Freiheit keyserlicher Majestät dazu gnädiglich verliehen uff sechs jahr. Anno 1523“.
Dieses Buch wurde bis ins 17. Jahrhundert mehrfach nachgedruckt und prägte die Lehre der Physiognomie.
