Zur Reduzierung des Sumpfkrebsbestandes wurde 2017 ein mehrjähriges Pilotprojekt in Abstimmung mit der Oberen Fischereibehörde gestartet. Dabei wird auf die Biomanipulation durch Raubfische, hauptsächlich Aale, gesetzt. Als erste Maßnahme wurde der Fischbestand um 1000 Aale erweitert. Die Hälfte machen Wildaale aus dem Rhein aus. Da der Sumpfkrebs für den Aal die bevorzugte Beute darstellt, wird in den nächsten drei Jahren weiter mit einem starken Rückgang des Sumpfkrebsbestandes gerechnet.
Neben den gefangenen Sumpfkrebsen wurden auch Aale gefangen und deren Mageninhalt untersucht. Dabei ergab sich, dass die Aale derzeit offenbar nicht fressen. Die Ursache ist nicht bekannt, könnte aber in der hohen Wassertemperatur von bis zu 28 Grad liegen.
Das Naturschutzgebiet Rumpenheimer Bürgeler Kiesgruben und der Schultheis Weiher erfüllen eine Reihe von bedeutenden ökologischen Funktionen und haben als Naturschutz- und Vogelschutzgebiet einen europaweiten Stellenwert. Darüber hinaus nutzen viele Besucher aus der Rhein-Main Region sowohl das Naturschutzgebiet ganzjährig als auch den Badesee in den Sommermonaten. All die genannten Funktionen und Nutzungen des Gewässers setzen eine gute Wasserqualität voraus. Die Rücksicht auf die Vielzahl der Belange stellt somit eine komplexe Aufgabe dar.
Um verschiedenen Eutrophierungssymptomen zu begegnen, führte die Stadt bereits in den Jahren 2006 und 2010 ein Projekt zur Verbesserung und Stabilisierung der Wasserqualität durch. Die Ziele dieses Vorhabens lagen in der Wiederherstellung eines standortgemäßen Fischbestandes „Hecht-Schleien-See“, der Etablierung eines flächendeckenden Bewuchses durch aquatische Makrophyten und der Beseitigung des massenhaften Aufkommens von toxinproduzierenden Cyanobakterien. Um den sprunghaften Rückfall des Ökosystems in den Zustand des algentrüben und cyanobakterienreichen Sees zu verhindern, führte die Stadt in den Jahren 2015 und 2016 eine Behandlung mit einem Eisenpräparat durch. So verminderten sich die Nährstoffgehalte und die Cyanobakterien-Biomasse im Sommer 2016 und der Fortbestand der Wasserpflanzen konnte gesichert werden.
Bis weit in den Mai 2017 hinein gab es keine Anzeichen für eine plötzliche oder gar gravierende Veränderung des Seewassers. Dennoch trat dann ein Fisch- und Pflanzensterben begleitet von Cyanobakterien auf.
Die noch vor einigen Jahren bekannten Rahmenbedingungen haben sich leider zum Nachteil des Ökosystems verändert. Dies ist vor allem auf die Einwanderung des roten amerikanischen Sumpfkrebses zurückzuführen. Dazu kommen die verschiedenen Vogelarten, allen voran die Gänsearten, die in überproportionalen Populationen auftreten. Die bereits frühzeitig im Jahr einsetzende lang anhaltende Sonneneinstrahlung, zum Teil auch verursacht durch sich verändernde Klimabedingungen, und die fortschreitende Nährstoffanreicherung, bringen in der Summe den See aus dem natürlichen Gleichgewicht. Deshalb werden vom Amt für Umwelt, Energie und Klimaschutz zurzeit die Datengrundlagen aktualisiert und es wird an einem Prozess zur Verbesserung der Situation, in enger Abstimmung mit dem Land Hessen, gearbeitet. Alle Überlegungen und Maßnahmen werden sowohl fachlich intern mit den betroffenen Ämtern, der Politik und der Oberen oberen und dem Hessischen hessischen für Naturschutz, Umwelt und Geologie abgestimmt. Eine Teilaufgabe ist die Verkotung durch die Vielzahl der Wassrvögel zu reduzieren. Im Rahmen des Gänsemanagements wird über die Anlage von land- und wasserseitigen Schilfinseln nachgedacht. Dies verschlechtert die Bedingungen zum Beispiel für die Aufzucht von Jungen. Dadurch erhofft sich die Stadt die Reduzierung des Nährstoffeintrags in unmittelbarer Gewässernähe und im Gewässer selbst sowie die hygienische Reinhaltung des Strandbereichs. Um die Anreicherung der Nährstoffe zu unterbinden und diese aus dem Gewässer dauerhaft zu entnehmen, prüft die Stadt zurzeit auch den Einsatz der externen Phosphorelimination.
Es handelt sich dabei um ein seit 20 Jahren angewandtes Verfahren mit nachhaltiger Wirkung sowohl für die Badenden als auch für den Naturhaushalt, das allerdings auch sehr kostspielig ist. Hierzu laufen die Vorplanungen und internen Abstimmungen sowie die Finanzplanung.